細胞はステージをクリアして得られる経験値を通じてレベルアップさせる事が出来ます。経験値は"マイ細胞"に登録した細胞のみ得る事が出来、レベルが上がるにつれ強力なスキルを発動します。
最大までレベルアップした場合、強化してランクを上げることが可能です。